ไม่นานหลังพาเหรดเกย์ไพรด์ปี 1992 มีผู้พบศพของจอห์นสันลอยอยู่ในแม่น้ำฮัดสัน[5] เจ้าหน้าที่ตำรวจสรุปผลในตอนแรกว่าเป็นการฆ่าตัวตาย[18] แต่คนในชุมชนและเพื่อนของเธอเชื่อว่าเธอไม่ได้ฆ่าตัวตาย และตั้งข้อสังเกคว่าศีรษะของจอห์นสันมีรอยแผลขนาดใหญ่[19][20] การเสียชีวิตที่น่ากังขาของเธอเกิดขึ้นท่ามกลางสภาพที่ความรุนแรงต่อต้านเกย์กำลังถึงจุดสูงสุดในนิวยอร์กซิตี รวมถึงความรุนแรงที่เกิดจากตำรวจเองด้วย

ในเดือนธันวาคม 2002 การสอบสวนโดยตำรวจจบลงด้วยการแก้สาเหตุการเสียชีวิตของจอห์นสันจาก "ฆ่าตัวตาย" เป็น "ยังไม่ทราบ"[13]

อดีตนักการเมืองนิวยอร์ก ทอม ดอน เป็นผู้ผลักดันให้มีการสอบสวนกรณีการเสียชีวิตของจอห์นสันใหม่ โดยระบุเหตุผลว่า "ปกติแล้ว เวลาบุคคลหนึ่งฆ่าตัวตายก็มักจะทิ้งโน๊ตไว้ แต่เธอไม่ได้ทิ้งโน๊ตไว้เลย"[14] ในเดือนพฤศจิกายน 2012 นักเคลื่อนไหว มารายห์ ลอเพซ ประสบความสำเร็จในการเรียกร้องให้กรมตำรวจนิวยอร์กพิจารณาการเสียชีวิตของจอห์นสันใหม่ว่าอาจเป็นการถูกฆาตกรรม[13]